機械工学部門は，2008年4月1日に機械科学部門・知能機械システム部門が統合されて誕生しました．
当部門は，材料力学，流体工学，熱工学，燃焼科学，力学システム，制御システム，加工プロセス，設計工学，生体工学，水素利用工学の10の大きな研究分野で構成されています．
当部門の教員は，学部教育においては工学部 機械工学科の教育を担当しています．大学院教育においては主に工学府 機械工学専攻と水素エネルギーシステム専攻の教育を担当しており，また，システム生命科学府 システム生命科学専攻，統合新領域学府 オートモーティブサイエンス専攻の教育も担当しています．