機械工学部門は,2008年4月1日に機械科学部門・知能機械システム部門が統合されて誕生しました.
当部門は,材料力学,流体工学,熱工学,燃焼科学,力学システム,制御システム,加工プロセス,設計工学,生体工学,水素利用工学の10の大きな研究分野で構成されています.
当部門の教員は,学部教育においては工学部 機械工学科の教育を担当しています.大学院教育においては主に工学府 機械工学専攻と水素エネルギーシステム専攻の教育を担当しており,また,システム生命科学府 システム生命科学専攻,統合新領域学府 オートモーティブサイエンス専攻の教育も担当しています.